पीसीआर का सिद्धांत डीएनए का उपयोग करना है जो इन विट्रो में 95 डिग्री सेल्सियस के उच्च तापमान पर विकृत और एकल-फंसे हो जाता है। कम तापमान (आमतौर पर लगभग 60 डिग्री सेल्सियस) पर, प्राइमर और सिंगल-स्ट्रैंड्स को बेस सप्लीमेंट्री पेयरिंग के सिद्धांत के अनुसार जोड़ा जाता है, और फिर तापमान को डीएनए पोलीमरेज़ में समायोजित किया जाता है। इष्टतम प्रतिक्रिया तापमान (लगभग 72 डिग्री सेल्सियस) पर, डीएनए पोलीमरेज़ फॉस्फोरिक एसिड की दिशा में पांच कार्बन शर्करा (5 [जीजी] #39; -3 [जीजी] #39;) के साथ पूरक किस्में संश्लेषित करता है।
पीसीआर का सबसे मूल्यवान अनुप्रयोग क्षेत्र संक्रामक रोगों का निदान है। सिद्धांत रूप में, जब तक नमूने में एक रोगज़नक़ है, तब तक पीसीआर का पता लगाया जा सकता है।
प्रयोगों में, यह पाया गया कि उच्च तापमान पर डीएनए को विकृत और पिघलाया जा सकता है, और तापमान कम होने पर इसे फिर से डबल स्ट्रैंड में बदला जा सकता है। इसलिए, तापमान परिवर्तन द्वारा डीएनए के विकृतीकरण और पुनर्वितरण को नियंत्रित करके, डिज़ाइन प्राइमरों, डीएनए पोलीमरेज़ और डीएनटीपी को जोड़कर विशिष्ट जीनों की इन विट्रो प्रतिकृति को पूरा किया जा सकता है।
हालांकि, उच्च तापमान पर डीएनए पोलीमरेज़ निष्क्रिय हो जाएगा। इसलिए, प्रत्येक चक्र में नया डीएनए पोलीमरेज़ जोड़ा जाना चाहिए, जो न केवल संचालित करने के लिए बोझिल है, बल्कि महंगा भी है, जो पीसीआर प्रौद्योगिकी के अनुप्रयोग और विकास को प्रतिबंधित करता है।
